Le statut d’indépendant n’offre pas les mêmes garanties que le salariat, notamment en cas d'arrêt de travail, et il paraît indispensable de s’interroger sur sa protection sociale avant d’envisager ce statut. Depuis la réforme du 1er juillet 2021 et la suppression du RSI, les indépendants relèvent du régime général d’assurance maladie en ce qui concerne leurs indemnités et frais liés à la santé. Ici, nous aborderons ensemble les règles et solutions qui s’appliquent en cas d’arrêt maladie longue durée. Commençons par redéfinir ensemble l’ALD puis nous verrons les droits et les solutions possibles des indépendants et travailleurs non salariés quant à l'indemnisation à laquelle ils peuvent prétendre en cas de cessation d’activité.

Plan de l'article

Qu’est-ce que l’affection de longue durée ?

Est considéré comme une affection de longue durée (ALD), une maladie dont la gravité et/ou le caractère chronique nécessite un traitement lourd et coûteux, impliquant un arrêt de travail d’une durée de 6 mois minimum. 

Dans le cadre précis d'une incapacité de travail qui se révèlerait définitive, on parle d'"invalidité". Pour être reconnue officiellement, l’invalidité doit être supérieure à 50% et vous devez avoir plus de 20 ans. On distingue les ALD exonérantes des ALD non exonérantes :

  • L’ALD exonérante : On parle d’ALD exonérante lorsqu’une maladie engendre des frais importants. Dans ce cas, ils seront pris en charge par la sécurité sociale et ce, jusqu’à un certain plafond. Cela signifie que certains frais resteront à votre charge. Vous continuerez également à percevoir des indemnités journalières.
  • L’ALD non exonérante : L’ALD non exonérante vous permet de bénéficier d’indemnités journalières même après 6 mois consécutifs d’arrêt maladie, de prise en charge des transports et d’un remboursement des soins de santé aux taux habituels pratiqués par l’Assurance Maladie. 

Arrêt maladie longue durée : règles d'indemnisation

Depuis 2021, la loi prévoit que tout arrêt de travail, quel que soit le motif, soit pris en charge par le régime général de la Sécurité sociale, et ce pour tous les statuts professionnels, salariés et indépendants. S'il effectue les démarches nécessaires, tout indépendant ou TNS peut percevoir des indemnités journalières de la part de la CPAM pendant toute la durée d'arrêt.

Dans le cas d’une absence longue pour maladie, et en tant que travailleur indépendant, vous devrez respecter 5 conditions pour percevoir des indemnités journalières :

  • Vous devez être affilié à la sécurité sociale depuis au moins 1 an au titre de votre situation professionnelle ;
  • Vous exercez une activité artisanale, commerciale, libérale ou de prestation de service ;
  • Vous exercez votre activité professionnelle au moment de l’arrêt maladie ;
  • Vous êtes à jour de vos cotisations sociales auprès des organismes publics.

Enfin, l'affection de longue durée doit être reconnue par votre médecin traitant et validée par le médecin-conseil de l’Assurance Maladie.

Quelle est la durée et le montant des indemnités en cas d’ALD ?

La durée d'indemnisation varie selon qu’il s’agisse d’une maladie dite "ordinaire" ou une affection longue durée. Dans le cas général, l'assuré ne peut percevoir, au titre d’une ou de plusieurs maladies, plus de 360 indemnités journalières pour une période fixée à 3 ans.

Dans le cas d’un prolongement d’arrêt maladie reconnu en tant qu’affection de longue durée, vous bénéficiez de conditions exceptionnelles d'indemnisation :

  • Vous n'avez plus de délai de carence ;
  • La durée d'indemnisation n'est pas la même que dans le cadre d'un arrêt de travail classique. En cas d’affection de longue durée reconnue, vous pourrez bénéficier d’indemnités quotidiennes pendant une durée maximum de 3 ans.

En effet, en plus de recevoir un remboursement quasiment total des frais de santé si vous souffrez d’une affection de longue durée exonérante, vous pourrez prétendre au versement d’indemnités journalières.

Elles se calculent ainsi : votre revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des trois dernières années précédant l’arrêt divisé par 730. Elles ne peuvent excéder la limite du Plafond Annuel de la Sécurité sociale (PASS), qui s'élevait à 46 368 € en 2024 et a été revalorisé à 47 100 € à compter du 1er janvier 2025(1).

Enfin, dans le cas particulier d'un arrêt de travail pour maladie professionnelle, l'assuré perçoit des indemnités journalières pendant toute la période d'incapacité de travail et ce jusqu’à sa reprise d'activité. Il n’existe pas de fin d’indemnisation pour un arrêt de travail pour maladie professionnelle.  

Fiscalité des indemnités journalières en rapport avec une ALD

Les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie dans le cadre d’une affection de longue durée exonérante sont totalement exonérées de l’impôt sur le revenu. Cette exonération bénéficie aux travailleurs indépendants comme aux salariés, à condition que les arrêts de travail soient expressément liés à une ALD reconnue par le médecin traitant et validée par le médecin-conseil de la CPAM.(2)

En revanche, les indemnités journalières versées pour des motifs hors ALD (maladie ordinaire, maternité, paternité, adoption) sont imposables dans leur intégralité. De même, les indemnités versées dans le cadre d’un contrat facultatif tel que la loi Madelin sont également soumises à l’impôt, qu’elles soient liées à une ALD ou non.

Sur le plan des contributions sociales, toutes les indemnités journalières – qu’il s’agisse d’un arrêt classique ou ALD sont assujetties à la CSG et CRDS, prélevées à un taux global de 6,7 % (6,2 % de CSG + 0,5 % de CRDS)(3). Toutefois, les indemnités ALD ne sont pas incluses dans le revenu imposable et ne rentrent donc pas dans le calcul des cotisations sociales ou de l’assiette fiscale.

Comment augmenter votre protection sociale ?

Les revenus des TNS, indépendants et dirigeants assimilés salariés sont aléatoires et, peuvent vite être impactés par les aléas de la vie (maladie, accident). Dans le cas d'un arrêt de travail qui se prolonge, les indemnités journalières sont inférieures à votre revenu habituel et s’avèrent insuffisantes pour maintenir un niveau de vie acceptable.

Prévoir les risques et protéger sa famille des conséquences fait partie intégrante des exigences liées au statut d’entrepreneur indépendant.

Adhérer à un régime de prévoyance complémentaire semble être la meilleure solution pour maximiser sa protection sociale et assurer la pérennité de votre entreprise. Selon les dispositions de votre contrat, vous garantissez le maintien de votre salaire même en cas de cessation d'activité. Vous êtes protégés face à l'invalidité, l'incapacité définitive ou au décès en assurant le versement d'indemnités journalières. Autant de garanties pour aborder sereinement votre activité d’indépendant.

Sources : 

(1) https://www.service-public.fr/particuliers/actualites/A15386

(2) https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F3152

(3) https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F2971